더 쉽게 설명하려고 노력해서 이렇게 썼습니다.

WindowsXP(이하 WinXP)와 Windows2000(이하 Win2k)는
MS-DOS(이하 DOS)와 Windows(이하 Win)가 분리되어 있습니다.
그래서 WinXP, Win2k에서 도스프로그램을 실행시키면
C:WindowsSystem32Config.nt
과
C:WindowsSystem32Autoexec.nt
를 먼저 읽게 됩니다.
그러니까 도스용 프로그램 실행시킬때마다
도스로 컴퓨터를 재부팅 한다고 생각하시면 됩니다.
이것때문에 도스용 게임과 몇개의 도스용 프로그램이 실행이 안되지만
이것때문에 윈도우와 도스용게임이 둘다 되기도 합니다.

위의 두 파일만 잘 맞춰주면
모든 도스 프로그램이 실행이 됩니다.
참고로 WinXP, Win2k는 도스용 프로그램과 윈도우용프로그램이
모두
C:WindowsSystem32
에 들어있습니다.
그러므로 꼭 실행시켜야 할 프로그램은 이 경로로 설정해주시기 바랍니다.
예)himem.sys 삽입시 -> c:windowssystem32himem.sys

CD드라이버 읽는 파일은 Autoexec.nt에 기록되어 있고
메모리는 0.5KB밖에 잡아먹지 않습니다.
기본메모리를 늘리고 싶으면
Config.nt에 있는
device=%SystemRoot%system32hbios.sys /f:%SystemRoot%system32hfont.sys
행 앞에 rem만 추가시켜 작동안하게만 해도
기본메모리가 629KB남게 됩니다.

WinXP와 Win2k는 EMM386.EXE가 없고
Config.nt자체 명령어로 되어 있습니다.
Config.nt에
EMM = [A=AltRegSets] [B=BaseSegment] [RAM]
전문가는 위에같이 써서 세팅을 다 해주고
초보자는 그냥
EMM=RAM
하구 치면 됩니다.

기본적으로 마우스는 자동적으로 메모리에 올라가 있습니다.
그래서 따로 Config.NT와 Autoexec.NT에
마우스 읽는 파일을 넣을 필요가 없습니다.
마우스드라이버를 따로 읽어야 하는경우
Config.nt에 해당 드라이버를 넣으면 될겁니다.(이것은 안해봤습니다.)